پژوهشگاه مطالعات فرهنگی، اجتماعی و تمدنی با هدف «پژوهش در زمینه‌های فرهنگی و اجتماعی آموزش عالی و توسعه و ارتقای علوم انسانی و اجتماعی» تأسیس شده است. نیاز به انجام پژوهش‌ها و مطالعاتی که هدف آنها ارائه نظریه‌، ایده و راهبرد به نظام تصمیم‌گیری باشد، همچنین، ضرورت ارتباط پیاپی با صاحب‌نظران و نخبگان و تداوم فعالیت مرکزی برای تحلیل و نظریه‌پردازی درباره آموزش عالی ایران، سبب تأسیس پژوهشگاه مطالعات فرهنگی، اجتماعی و تمدنی گردید.

بر این اساس، در جلسه 12/7/1382 شورای گسترش آموزش عالی با تأسیس «پژوهشکده مطالعات فرهنگی و اجتماعی» با ساختار چهار گروه مطالعات آینده‌نگر، مطالعات اجتماعی، مطالعات زنان و مطالعات فرهنگی موافقت اصولی و در تاریخ  19/8/82 موافقت قطعی با عنوان «پژوهشکده مطالعات فرهنگی و اجتماعی» صورت گرفت و با ابلاغ مصوبه مربوط، راه‌اندازی پژوهشکده از سال 1383 وارد مرحله اجرایی شد. شورای گسترش و برنامه‌ریزی آموزش عالی در جلسه ۹۲۸ مورخ ۰۱/۰۴/۹۹ با تبدیل ساختار و ارتقای پژوهشکده مطالعات فرهنگی و اجتماعی به پژوهشگاه موافقت قطعی و علاوه بر چهار گروه پژوهشی پیشین که داری موافقت قطعی می‌باشند با گروه‌های جدید «مطالعات علم و فناوری» و «مطالعات ارتباطات و فضای مجازی» برای مدت دو سال موافقت اصولی کرد. پژوهشگاه دارای کمیسیون دائمی و هیئت امنای مستقل است. اعضای هیئت علمی پژوهشگاه، اساتید و پژوهشگران حوزه علوم انسانی و اجتماعی دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی کشور، مهم‌ترین منبع تولید آثار علمی و پژوهشی پژوهشگاه هستند. شورای پژوهشگاه، مهم‌ترین رکن تصمیم‌گیری پژوهشی و متشکل از 9 تا 11 عضو (با حداقل دو عضو بیرونی) است.

پژوهشگاه در سال 1385 و در چارچوب سیاست‌های مصوب، فعالیت‌های انتشاراتی خود را آغاز کرد. مأموریت انتشارات، چاپ و نشر یافته‌ها و نتایج مطالعات و پژوهش‌های انجام‌شده در قالب‌های گوناگون و با صورتی آراسته و متناسب با ذائقه اندیشه‌ورز جامعه علمی ایران است.  تا کنون این واحد موفق به انتشار بیش از 500  اثر در زمینه مطالعات فرهنگی، اجتماعی، و آموزش عالی شده است.